Специалисты Московского государственного университета им. Ломоносова разработали одноцепочечную молекулу ДНК (аптамер), которая позволит ускорить обнаружение конкретных штаммов коронавируса в организме с помощью тест-систем нового поколения. Об этом сообщила пресс-служба вуза.
Аптамеры ведут себя как антитела: они способны присоединяться к конкретной мишени, которой в этом исследовании стал белок шипа коронавируса. Авторы разработали методику определения последовательности нуклеотидов в аптамере, которая позволяла бы ему связываться с определенным штаммом SARS-CoV-2.
«В представленной работе проводился поиск аптамера, соединяющегося с рецептор-связывающим доменом (RBD) спайк-белка (S-белка) вируса SARS-CoV-2. Отбор аптамера проводился к <…> [домену] уханьского штамма коронавируса. Последующая проверка показала, что найденный аптамер не связывается с RBD других штаммов. Это открывает возможности для его применения в биоаналитических тест-системах для быстрого определения конкретного штамма вируса», — приводит пресс-служба вуза слова одного из авторов работы Марии Хреновой.
Методы нанопорового секвенирования, данные которых использовали ученые, используются для анализа длинных последовательностей нуклеотидов, в том время как аптамеры — это короткие фрагменты. Авторы нашли способ объединения этих участков в длинные, а также подобрали метод обработки данных, учитывающий особенности аптамеров, пояснили в вузе.